历史上，塔吉克人曾信奉过祆教、佛教等多种宗教。这两种宗教文化至今在塔吉克族中还有积淀。约公元10世纪左右，塔吉克人开始信仰伊斯兰教。公元16世纪末至17世纪初，开始尊奉伊斯兰教什叶派的一个支派，伊斯玛依勒派。相传在明末清初有一位名赛义德苏热的依禅从伊朗到帕米尔高原，大力传布伊斯玛依勒派。他来时带有70名兵丁，杀了塔什库尔干原来的统治者江罕格尔和艾兰木格尔，自立为“赛义德沙利汗”，并在塔吉克族中推行新的教派。
同其他信仰伊斯兰教的民族比较起来，塔吉克族的宗教活动较少，清真寺很少，根据伊斯玛依勒教义，不封斋，不去麦加朝圣。部分老人每天在家做二次礼拜以外，一般群众仅在节日进行礼拜。宗教首领不称“伊玛目”，而称“依禅”，其职位是世袭的。依禅各有自己的势力范围，所辖教徒数量不等。在所属的各地区，由依禅委派当地领先信徒为“海力排”(代理人)，代替其发展信徒，收取宗教税。牧民分属不同的依禅，往往是世代信仰某一依禅及其继承者。一个地区或乡村往往分属几个依禅，因此也就同时有几个“海力排”。此外，还有宗教职业者“卡孜”掌管宗教法律，“阿兰姆”主持节日的宗教活动，他们并在一定的地区活动。
塔吉克族非常崇信伊斯玛依勒派最高的伊玛目“阿迦汗”。“阿迦汗”的原意为“生命的主宰”。迄今为止，阿迦汗共有4位。现任的阿迦汗四世克里木?侯赛因1957年成为伊斯玛依勒派第49任伊玛目。
解放前，阿迦汗被塔吉克族群众视为真主的化身，尊为人世间的“活主”，对他绝对忠诚和驯服。教徒要定期向阿迦汗奉贡，称为“赛尔卡尔”。每年把新生的第一胎幼畜和农作物收获的1/10献给阿迦汗，由依禅经收。解放后，这项宗教贡赋已经停止。人民政府对于爱国的伊斯玛依勒派人士，在政治上和生活上都作了必要的安排。他们中间的不少代表性人物担任了所在地区的人民代表大会代表或政治协商会议委员，有的还担任了自治区政协委员。
