犹如现在的方言，在古蒙古国语中有元音和谐，同一个词中的元音必须是阳性或者阴性，包括各种语法后缀——因此，所有的后缀都有阴性和阳性两种形式。
阳性元音：aou
阴性元音：eöü
i是中性元音，可以出现在任何阳性和阴性的词中。现在的蒙古国语方言元音和谐的基本原则不完全相同。舌根/小舌辅音也受到元音属性的影响：在阳性的词中，出现的是小舌音的变体q与?（浊擦音），而在阴性的词中，出现的是舌根塞音k与g。因此*aka、*eqe之类的词不符合蒙古国语语音系统的规则，不可能存在。由此可见，舌根辅音（kg）和小舌辅音（qγ）处于互补分布，没有分辨音位的价值：实际上，k-q和g-γ分别是同一个音位（只有清浊对立，没有舌根-小舌的对立）。
