导致人体正常的盈亏平衡状态遭到破坏而发生疾病的因素，就是病因。瑶医对病因的认识最早可以追溯到汉代对瘴气的认识，此后，随着瑶区药的不断发展，瑶医对病因的认识不断地进步和发展。
瑶医探求病因的方法有两种：一种是详细询问发病经过，了解可能引起疾病的直接或间接原因；二是以各种疾病的症状、体征衷现为依据，经过分析，推求病因。由于瑶族居住环境的特殊性，瑶医，对病因的认识，除了包括其他医学普遍认同的病因，即一般病因以外，还包括一些具有地域特色的病因，如毒、痧、瘴、蛊等，但不论如何分类，瑶医学始终认为病因无非自外而来、由内而生两端，这种认识虽略显粗糖，在病因学上却可起到执简驳繁的作用。
一、一般病因
人们认识事物总要探究原因，瑶民认病也是这样，要探求病因。瑶族医者从生活经验中认识到，气候、水土、饮食、劳累、房室、先天禀赋、虫兽伤害、外伤等都与发病有关。此外，瑶医还认为中邪亦可致病。显而易见，这些都是对病因的一般认识，与各民族的认识大同小异。
二、特殊病因
瑶族医药的产生和发展是随着瑶族的自下而上和繁衍而发展的。由于瑶族生活在“五岭以南，展于岭西，南濒海滨”，地处亚热带，雨量充沛。这样一个特殊的地理、气候环境，造就了具有本民族特色的瑶医药病因学。
